Para  que as notas possam ser digitadas na turma alternativa a série precisa possuir normalmente grade curricular e fases de nota. 

Geralmente a grade é composta  somente pela disciplina que terá seus registros transferidos e as fases de nota  são iguais às da série principal.

Para configurar, acesse "Acadêmico > Grade Curricular".

Um exemplo:

Quando estas configurações são realizadas a digitação de notas para a disciplina que possui turma alternativa deve ser feita diretamente na turma alternativa, tanto no SIGA como pelo Portal Web. As notas terão origem na turma alternativa, e eventuais alterações precisam ser feitas nela. Os registros são enviados automaticamente para a turma principal. 

Veja os exemplos abaixo:

Dica: Se o  sistema retornar uma mensagem informando que não é possível alterar a nota  porque existe uma turma alternativa para a disciplina, verifique se o aluno foi matriculado na turma alternativa após a inserção da nota na disciplina da turma  principal. Para que funcione corretamente, não pode haver nota digitada na  disciplina, no momento da matrícula na turma alternativa.